La contaminación de los ecosistemas acuáticos por materia orgánica, compuestos químicos y metales pesados afecta a las comunidades de algas, plantas y otros vegetales. Mediante la aplicación de índices bióticos puede determinarse el grado de calidad del agua. Se describen los protocolos de muestreo, análisis, determinación de índices y su interpretación dentro de los programas de monitorización actuales.